در پاسخ به  اظهارات محسن رضایی ، اکبر هاشمی رفسنجانی چند روز بعد نامه محرمانه‌ای از امام خمینی درباره پایان جنگ منتشر کرد.

در این نامه که از برخی واقعیات جنگ حکایت داشت و از سوی امام خطاب به مسئولین کشور نوشته شده بود، دلایل پذیرفتن قطعنامه مورد توجه قرار می‌گرفت و به گزارش های سه نفر اشاره می‌شد: اول فرمانده وقت سپاه محسن رضایی، دوم نخست‌وزیر میرحسین موسوی و سوم مسئول وقت تبلیغات جنگ سید محمد خاتمی. امام(ره) در خصوص نقش نامه محسن رضایی می‌فرمایند: «با توجه به نامه تکان دهنده فرمانده سپاه پاسداران که یکی از ده‌ها گزارش نظامی سیاسی است که بعد از شکست‌های اخیر به اینجانب رسیده و به اعتراف جانشینی فرمانده کل نیروهای مسلح، فرمانده سپاه یکی از معدود فرماندهانی است که در صورت تهیه مایحتاج جنگ معتقد به ادامه جنگ می‌باشد و با توجه به استفاده گسترده دشمن از سلاح‌های شیمیایی و نبود وسایل خنثی کننده آن، اینجانب با آتش بس موافقت می‌نمایم و برای روشن شدن در مورد اتخاذ این تصمیم تلخ به نکاتی از نامه فرمانده سپاه که در تاریخ 2/4/67 نگاشته است، اشاره می‌شود.»

محسن رضایی در نامه خود آورده بود: «تا پنج سال دیگر ما هیچ پیروزی نداریم، ممکن است در صورت داشتن وسایلی که در طول پنج سال به دست می‌آوریم قدرت عملیات انهدامی و یا مقابله به مثل را داشته‌ باشیم و بعد از پایان سال 71 اگر ما دارای 350 تیپ پیاده و 2500 تانک و 3000 توپ و 300هواپیمای جنگی و 300 هلیکوپتر و قدرت ساختن مقدار قابل توجهی از سلاح داشته باشیم، می‌توان گفت به امید خدا بتوانیم عملیات آفندی داشته باشیم.»

امام(ره) در خصوص نامه میرحسین موسوی نیز می‌فرمایند: « آقای نخست‌وزیر از قول وزرای اقتصاد و بودجه وضع مالی نظام را زیر صفر اعلام کرده‌اند، مسئولان جنگ می‌گویند تنها سلاح‌هایی را که در شکست‌های اخیر از دست داده‌ایم، به اندازه تمام بودجه‌ای‌ است که برای سپاه و ارتش در سال جاری در نظر گرفته شده بود.» و نوبت به سیاسیون و مسئولین تبلیغات جنگ می‌رسد. امام با اشاره به سایر گزارش‌ها و نامه ها می‌فرمایند:«مسئولان سیاسی می‌گویند از آنجا که مردم فهمیده‌اند پیروزی سریعی به دست نمی‌آید، شوق رفتن به جبهه در آنها کم شده است.»

متن کامل نامه امام

متن کامل این نامه بدین شرح بود:

بسم الله الرحمن الرحیم

با یاری خداوند متعال و با سلام و صلوات به انبیای بزرگوار الهی و ائمه معصومین صلوات ا... علیهم اجمعین حال که مسئولان نظامی ما اعم از ارتش و سپاه که خبرگان جنگ می‌باشند، صریحاً اعتراف می‌کنند که ارتش اسلام به این زودی‌ها هیچ پیروزی به دست نخواهند آورد و نظر به این که مسئولان دلسوز نظامی و سیاسی نظام جمهوری اسلامی از این پس جنگ را به هیچ وجه به صلاح کشور نمی‌دانند و با قاطعیت می‌گویند که یک دهم سلاح‌هایی را که استکبار شرق و غرب در اختیار صدام گذارده‌اند به هیچ وجه و با هیچ قیمتی نمی‌شود در جهان تهیه کرد و با توجه به نامه تکان دهنده فرمانده سپاه پاسداران که یکی از ده‌ها گزارش نظامی سیاسی است که بعد از شکست‌های اخیر به اینجانب رسیده و به اعتراف جانشینی فرمانده کل نیروهای مسلح، فرمانده سپاه یکی از معدود فرماندهانی است که در صورت تهیه مایحتاج جنگ معتقد به ادامه جنگ می‌باشد و با توجه به استفاده گسترده دشمن از سلاح‌های شیمیایی و نبود وسایل خنثی کننده آن، اینجانب با آتش بس موافقت می‌نمایم و برای روشن شدن در مورد اتخاذ این تصمیم تلخ به نکاتی از نامه فرمانده سپاه که در تاریخ 2/4/67 نگاشته است اشاره می‌شود.

فرمانده مزبور نوشته است تا پنج سال دیگر ما هیچ پیروزی نداریم، ممکن است در صورت داشتن وسایلی که در طول پنج سال به دست می‌آوریم قدرت عملیات انهدامی و یا مقابله به مثل را داشته‌ باشیم و بعد از پایان سال 71 اگر ما دارای 350 تیپ پیاده و 2500 تانک و 3000 توپ و 300هواپیمای جنگی و 300 هلیکوپتر ...که از ضرورتهای جنگ در آن موقع است، داشته باشیم می‌توان گفت به امید خدا بتوانیم عملیات آفندی داشته باشیم. وی می‌گوید قابل ذکر است که باید توسعه نیروی سپاه به هفت برابر و ارتش به دو برابر و نیم افزایش پیدا کند، او آورده است البته امریکا را هم باید از خلیج فارس بیرون کنیم والا موفق نخواهیم بود.

این فرمانده مهم‌ترین قسمت موفقیت طرح خود را تهیه به موقع بودجه و امکانات دانسته است و آورده است که بعید به نظر می‌رسد دولت و ستاد فرماندهی کل قوا بتوانند به تعهد عمل کنند. البته با ذکر این مطالب می‌گوید باید باز هم جنگید که این دیگر شعاری بیش نیست.

آقای نخست وزیر از قول وزرای اقتصاد و بودجه وضع مالی نظام را زیر صفر اعلام کرده‌اند، مسئولان جنگ می‌گویند تنها سلاح‌هایی را که در شکستهای اخیر از دست داده‌ایم به اندازه تمام بودجه‌ای‌ است که برای سپاه و ارتش در سال جاری در نظر گرفته شده بود. مسئولان سیاسی می‌گویند از آنجا که مردم فهمیده‌اند پیروزی سریعی به دست نمی‌آید شوق رفتن به جبهه در آنها کم شده است. شما عزیزان از هر کس بهتر می‌دانید که این تصمیم برای من چون زهر کشنده است ولی راضی به رضای خداوند متعال هستم و برای صیانت از دین او و حفاظت از جمهوری اسلامی اگر آبرویی داشته باشم خرج می‌کنم، خداوندا ما برای دین تو قیام کردیم و برای دین تو جنگیدیم و برای حفظ دین تو آتش بس را قبول می‌کنیم.

خداوندا تو خود شاهدی که ما لحظه‌ای با امریکا و شوروی و تمام قدرت‌های جهان سرسازش نداریم و سازش با ابرقدرت‌ها و قدرت‌ها را پشت کردن به اصول اسلامی خود می‌دانیم. خداوندا در جهان شرک و کفر و نفاق در جهان پول و قدرت و حیله و دورویی ما غریبیم، تو خود یاریمان کن. خداوندا در همیشه تاریخ وقتی انبیا و اولیا و علما تصمیم گرفته اند مصلح جامعه گردند و علم و عمل را درهم آمیزند و جامعه‌ای دور از فساد و تباهی تشکیل دهند با مخالفت‌های ابوجهل‌ها و ابوسفیان‌‌های زمان خود مواجه شده‌اند.

خداوندا، ما فرزندان اسلام و انقلابمان را برای رضای تو قربانی کردیم غیر از تو هیچ کس را نداریم ما را برای اجرای فرامین و قوانین خود یاری فرما، خداوندا از تو می‌‌خواهم تا هر چه زودتر شهادت را نصیبم فرمایی. گفتم جلسه‌ای تشکیل گردد آتش بس را به مردم تفهیم نمایند. مواظب باشید ممکن است افراد داغ و تند با شعارهای انقلابی شما را از آنچه صلاح اسلام است دور کنند، صریحاً می‌گویم باید تمام همتتان در توجیه این کار باشد. قدمی انحرافی حرام است و موجب عکس العمل می‌شود. شما می‌دانید که مسئولان رده بالای نظام با چشمی خونبار و قلبی مالامال از عشق به اسلام و میهن اسلامی‌مان چنین تصمیمی گرفته‌اند خدا را در نظر بگیرید و هر چه اتفاق می‌افتد از دوست بدانید و السلام علینا و علی عباد الله الصالحین.

روح‌الله الموسوی الخمینی